Nella Cattedrale, in una nicchia dell' estremità meridionale, è collocato un affresco raffigurante un Cristo Pantocrator che mostra tre rielaborazioni. stilistiche con tre strati d'intonaco, opera probabilmente di un maestro locale. La nicchia ed ll Cristo Pantocrator possono essere attribuiti ad un periodo di gran lunga precedente all'epoca della Cattedrale, 1093. Secondo i canoni iconografici bizantini, il Cristo Pantocrator assumeva una collocazione centralissima come nella chiesa della Martorana, nel Duomo di Monreale, in quello di Cefalù. Quale il motivo della collocazione secondaria di tale affresco nella Cattedrale di Mazara?

Benedetto Patera (Affreschi bizantini inediti a Mazara del Vallo, Bizantino Sicula 11,1975 Palermo) trova la spiegazione nell'esistenza di una chiesa bizantina precedente, nella quale «l'attuale nicchia che costituiva forse l'abside fu conservata ed inglobata nel transetto per un motivo devozionale e perchè l'immagine in essa dipinta potesse continuare ad essere oggetto di venerazione nella nuova grande Basilica.

Anche la Cattedrale fu costruita su parte degli avanzi bizantini, oppure l'affresco è stato riportato dalla chiesa in rovina? E' possibile che dalla prosecuzione degli scavi attorno alla Cattedrale si sarebbe potuto avere una risposta a tali interrogativi avanzando un ipotesi circa le dimensioni e l'esatta collocazione del tempio bizantino.

Ritornando al minareto, questo è presente in quasi tutte le moschee, dalla quale il muezzin (mu‘adhdhin) cinque volte al giorno chiama alla preghiera i devoti di Allah. Come il campanile cristiano, il minareto serve a far arrivare il più lontano possibile il segnale che scandisce la giornata liturgica. Nell'Islam questo è in stretta connessione con i momenti d'elezione (awqàt) in cui deve essere validamente assolto l'obbligo della preghiera islamica, detta Salat. Il minareto, realizzato durante la dominazione araba della nostra città, come si ricava da immagini esistenti prima del suo crollo avvenuto nel 1587 (Vedi:Tiburzio Spannocchi,architetto ufficiale della Corona Spagnola ed ingegnere militare, che lavorò per due anni circa alla redazione di un carteggio su fortificazioni ed impianti urbani delle maggiori città della Sicilia, al fine di poter realizzare delle fortificazioni a difesa delle popolazioni dalle incursioni piratesche. Egli realizzò nel 1584 un acquerello nel quale si può osservare l'edificio in questione).
Esso aveva una elevazione articolata in cinque piani, pertanto era sicuramente una sontuoso edificio. Da esso si poteva, inoltre, osservare anche un vasto tratto del mar Mediterraneo, ed era un importante punto d'osservazione utilissimo per la difesa della città.
Il minareto a Mazara, anche dopo la scacciata dei musulmani, si mantiene integro sino al 1500, utilizzato come campanile esterno della cattedrale fino al suo crollo. L'ultima parte fu rasa al suolo nella seconda metà del 1700 per dare spazio alla statua di san Vito. Questa struttura è riportata a destra dello stemma comunale della città, ed esiste, una scultura in marmo, del 1600, che lo riproduce: Trattasi di un particolare di una bella scultura che si trovava nell'ingresso del "Cimitero dei Bambini" ormai non più esistente, ubicato nello spazio retrostante l'ex oratorio della Cattedrale, ed oggi è conservata all'interno della Basilica .

"Oltre alle fondamenta sono stati rinvenuti altre strutture murarie, nonché miriadi di frammenti vascolari di diverse epoche, e monete. Un'altra nota interessante riguarda la scoperta delle antiche condotte fognarie differenziate, che si leggono come in un abaco della tecnologia, dell'architettura in elementi e trilite, a triangolo di scarico barbacani e voltate come la piccola galleria che porta verso il mare". Trattasi di un condotto utilizzato, nelle epoche precedenti, per il deflusso delle acque bianche. E stato fotografato anche al suo interno, è molto rifinito e vi può camminare un uomo di media statura in piedi. Se è nato con queste finalità o è stato adattato successivamente a questo scopo non è ancora dato saperlo.
Altro elemento di grande interesse è il ritrovamento di una fornace di epoca medievale.
Il reperto acquista notevole valenza perchè è un ulteriore prova dell'esistenza, in epoca medievale, di maestranze locali che producevano manufatti in terracotta e in maiolica, di pregevole fattura, come rilevato in reperti di quell'epoca trovati in altri scavi.